亚马逊河流域内大部分地区为热带雨林气候，上游属于高原山地气候，年雨量2000毫米以上。亚马逊河沉积下的肥沃淤泥滋养了650万平方公里的地区，著名的亚马逊热带雨林就生长在亚马孙河流域。这里同时还是世界上面积最大的平原。
亚马逊部分雨林辟为保护区，例如己西塔帕若斯河岸边的亚马逊国家公园，面积近10000Km2。然而，伐林速度若不减慢，亚马逊这片占全球林木总面积23的广大森林，将在21世纪消失。
亚马孙河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5597米的奈瓦多米斯米峰的一条小溪，距离的的喀喀湖约160公里，距利马约700公里，1971年第一次认定，直到2001年才正式确定。
