深圳东站建筑风格以“布吉河”为主题，采用大型落地玻璃，站房顶棚为波浪形，车站集铁路、地铁、公交和社会车辆等为一体。深圳东站是一座地面铁路车站，车站采取上进下出、东西进出的乘车方式，各层间有扶梯和垂直电梯互通。
截至2018年3月，深圳东站在每年铁路春运期间均有招收义工为旅客提供引导咨询、秩序维护、重点帮扶、便民利民和应急救援等5类服务项目，并设有服务台和医疗点。
深圳东站是布吉综合客运枢纽重要组成部分，是深圳市“两主三辅”铁路车站之一，其功能定位仅次于深圳站、深圳北站，是深圳地区第三大铁路客运枢纽。
