巴斯德研究了微生物的类型、习性、营养、繁殖、作用等，把微生物的研究从主要研究微生物的形态转移到研究微生物的生理途径上来，从而奠定了工业微生物学和医学微生物学的基础，并开创了微生物生理学。
巴斯德像牛顿开辟出经典力学一样，巴斯德开辟了微生物领域，创立了一整套独特的微生物学基本研究方法，开始用“实践—理论—实践”的方法开始研究，他是一位科学巨人。
巴斯德发明的巴氏灭菌法主要为牛奶的一种灭菌法，既可杀死对健康有害的病原菌又可使乳质尽量少发生变化。巴氏杀菌不可能杀死所有细菌，它只能将致病菌的数量降低到对消费者不会造成危害的水平。巴氏灭菌法除牛奶之外，也可应用于发酵产品。
