一、产权不同
经济适用房并不是完全产权，它只是部分产权。经济适用房要想能够上市交易必须满足一定的条件，并且只能用来自住，不能出租获取定金或者借给他人，也不能做除了居住以外的任何事情。如果买了经济适用房后，房主又买了第二套房子，那么房主原本的经济适用房的产权会被政府收回。
而商品房是完全产权，房主可以自由的进行上市交易，不仅可以用于自住、出租或出借，还能从事居住以外的其他活动。在符合限购政策的情况下，房主买了第二套房子后，原本的商品房房屋产权也不会被收回。
二、购买条件不同
经济适用房享受政府优惠，不是所有人都能购买。只有城镇中低收入家庭才能购买，因此在购买时要申请审批。而商品房在不考虑限购政策的情况下，购买对象和条件是不受限制的。
三、交易与转让不同
经济适用房上市交易必须符合满5年条件，并且转让得到的收益要交纳30% 作为土地收益款。如果购买不足不满5年的，是不可以交易和转让的。商品房交易不受满5年条件限制，且不用交纳土地收益价款。
