香格里拉地势南低北高，南部迎南来暖湿气流，降水相对于丰富，气候湿润，北部则相对干燥。香格里拉地形结构复杂，各种气候类型相嵌交错，同一气候垂直带内又有森林气候，草原气候，湖盆气候等单个小地形气候，形成“隔里不同天”的气候特征。
香格里拉水能资源丰富，金沙江境内流程达375公里，有大小河流244条，其中多年平均流量3.07立方米/秒以上的一级支流有13条，总长545公里，流域面积8065.9平方公里。水能蕴藏量高。市域内中小河流的水能理论蕴藏量达到692万千瓦，可开发理论蕴藏量达209.84万千瓦。
香格里拉生物资源丰富，有菌类、苔藓类、蕨类、种子类植物289科3870种，有以杜鹃花为冠的观赏植物1241种，有哺乳动物26科97种，素有“天然高山生物园”的美誉。
