蒸馏水和纯净水的区别在于：
１、含义不一样，纯净水指的是不含杂质的水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水。蒸馏水则是指经过蒸馏、冷凝操作的水。
２、制得方法的不同，纯净水可以通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得；而蒸馏水是通过蒸馏法以及配合一定的措施制得。
３、成分上的不同，纯净水中不含无机盐等等，而蒸馏水中会含有部分无机盐和有机物。
４、用途不一样，蒸馏水在医药行业的作用是因为低渗作用。用蒸馏水冲洗手术伤口，使创面可能残留的肿瘤细胞吸水膨胀，破裂，坏死，失去活性，避免肿瘤在创面种植生长。学校里的化学实验，有些需要用蒸馏水，利用的就是蒸馏水无电解质，没有游离离子，或是没有杂质。
５、缺点不一样，纯净水的不足之处在于，长期饮用时可能会导致体内铅的含量超标，因为钙和铅在人体中是竞争关系，一方增多，另一方就会减少，反之，一方减少，另一方就会增多，纯净水中没有钙，人体就会吸收大量的铅，从而导致人体内含铅量超标。
蒸馏水的缺点是造价高昂，因为蒸馏水的制作是把源水煮沸后令其蒸发冷凝回收，要大量耗费热能，造价不会太低。要想得到纯净水或超纯水，必须经过二次、三次的蒸馏还得增加其它纯净手段。
