酸雨的危害有：酸雨使地表的水酸化，影响地表的生物生存。酸雨渗入土壤，使土壤土质酸化，使土壤中的有害物质铝等活化，当可溶性铝达到一定浓度时，森林土壤退化，树木生长受到严重危害，对病虫害的抵抗能力降低，森林会大面积死亡。土壤的酸化使农作物受到严重危害，也会产生大面积作物减产或作物死亡。我国农业因遭受酸雨每年损失达15亿元以上。酸雨也使大量牧草死亡，从而影响到畜牧业的发展。
酸雨渗入土壤与地下水汇合，人饮用后，由于金属的溶入对人体健康产生极大危害。可造成儿童血压下降。红细胞及血红蛋白偏低，成为贫血，贫血者由于血液运输氧的能力低，影响体内各器官的正常生理活动。因而常常表现出精神不振、疲劳、头晕、面色苍白等症状。成年人可造成哮喘、胸闷、唿吸困难等。酸雾对人唿吸道中起主要防御功能的巨噬细胞有严重伤害作用，降低人体免疫力，使肺部肿瘤的发生率明显增高。动物饮用酸化的水源，使动物患病率、死亡率增高。鱼类最为明显，若ph值低于5时，鱼类繁殖和发育受到严重影响，酸化的水，会使多种植物、细菌、无嵴椎动物死亡，从而使鱼类减少或灭绝。
酸雨是一切生物的大敌，对地球上的生物带来极大危害。要控制酸雨，最关键的是保护环境、减少污染，控制二氧化硫的排放量，每年由然煤排入大气中的二氧化硫约2000万吨，形成大量酸雨。我国欲投巨资大规模治理酸雨，拟削减二氧化硫年排放量5000万吨。并逐渐加强此项工作的进行，争取在我国消化酸雨，使生物不再受酸雨的侵害。
