最初入选“985工程”的高等学校共有九所，被称“九校联盟”，分别为北京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学。同时截至2013年年末，“985工程”共有39所高校。
2016年06月7日，教育部官网发布了“关于宣布失效一批规范性文件的通知”，宣布《关于继续实施“985工程”建设项目的意见》《“211工程”建设实施管理办法》等一批规范性文件失效，已失效的规范性文件不再作为行政管理的依据。
2019年11月28日，教育部官网发布声明：已将“211工程”和“985工程”等重点建设项目统筹为“双一流”建设。
