华佗是被曹操杀死的。被杀的原因有两种说法：
第一种是曹操得了头风病，让华佗医治。华佗认为这个病短期内不能治好，然后华佗收到家书就回家了。于是，曹操派人让华佗回来治病，但他迟迟不上路，最后死在了在狱中。
第二种是曹操得了头风病，让华佗来医治。华佗认为这个病需要劈开头颅，加以麻沸散麻醉，动大手术。曹操生性多疑，认为华佗是想要杀死他，所以曹操便以刺杀的罪行将华佗关押，拷打致死。
华佗与董奉、张仲景并称为“建安三神医”。被后人称为“外科圣手”、“外科鼻祖”。华佗还有很多治病救人的故事，例如：有一位极漂亮的姑娘，已经过了结婚的年龄，可是仍没有嫁人，因为常期以来她的右膝，长了个疮，不断往外流浓水。
华佗看过后，她父亲问女儿的病情，华佗说：“派人骑马，牵着一条栗色的狗跑三十里。回来后，乘狗身子正热时截下狗的右脚，拄在疮口上。”不一会儿，有一条红色的小蛇从疮口中出来，进到狗的脚中，那姑娘的病就好了。这个故事出自于《独异志》。
