非典是在2002年发生的。是严重急性呼吸综合征。截止2003年8月16日，中国内地累计报告非典型肺炎临床诊断病例5327例，治愈出院4959例，死亡349例。2013年11月1日《科技日报》报道，中科院武汉病毒研究所石正丽研究团队分离到一株与非典病毒高度同源的非典样冠状病毒，进一步证实中华菊头蝠是非典病毒的源头。研究成果在线发表于《自然》杂志。非典时期中国大陆多所大学的正常教学进度被打乱，北京市的中小学全面停课，不过6月举行的全国高考并没有延后举行。全国很多省市都实行了中小学全面停课，很多地区改变了以往的考试执行顺序以适应特殊时期，如北京采用了等分数揭晓后再填报志愿的顺序，而导致出现了严重的“扎堆”现象，从而导致了复读人数的大幅上升，但另一方面，则保证了北京大学、清华大学的招生。
非典疫情结束，国家宣布大幅度增加卫生防疫经费投入，在全国建设各级疾病预防控制中心，特别是增加了对农村地区的经费投入。政治局、总理则视察了疫情最严重的广东，并高度重视当地防疫专家钟南山院士的建议。此外，国家还公开扶植中医药行业，在公开场合宣扬中医药在治疗非典的过程中发挥的作用，要求各级医疗体系必须配备中医。
