深圳北站设计有两大亮点。一是与传统火车站相比，深圳北站将公交、地铁、出租、长途客运、小汽车等城市交通形式全部整合进来。二是与国内的火车站都采取的从上层进站、下层出站的人流组织形式不同。
深圳北站是国内唯一采用“上进上出”的大型火车站，同时也取消了传统火车站巨大的站前广场的设计，旅客无需走出车站便可进行各种交通方式的换乘，节约了近50万平方米的土地。
深圳北站分为三部分：高铁站房、东广场和西广场。其中，高速铁路呈南北方向，站房设于轨道上方；东广场是以公共交通为主导的主广场；西广场是以私人交通为主导的副广场。
