深圳东站总建筑面积6.7万平方米，主站房建筑面积2.1万平方米，可同时容纳7000多名旅客候车；截至2018年9月，车站站场规模为4台11线，设计日均最高客流量9万人次，每日始发列车77对、通过列车115对。
深圳东站地上二层为主候车厅，东边设有售票厅、军人候车室和车站办公室，中部为4个普通候车室，南边为2至5号检票口，西边为软席候车室，东西两边各设有普通和残障人士专用洗手间。
深圳东火车站的附近地铁站：布吉地铁站（B出口处）；途径地铁：龙岗线（3号线）、环中线（5号线）；附近公交站：布吉地铁站（公交站）即将改为“深圳东公交站）约200米；附近公交站：布吉街（布吉新一佳）约150米。
