往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
现用的本式往来港澳通行证将于2019年9月13日全部失效。内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游(G)、探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)根据申请事由分类签发。
其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。
签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
2019年4月1日起，来港澳通行证、往来台湾通行证等出入境证件实行“全国通办”，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申请办理出入境证件，申办手续与户籍地一致。
